Stavební úpravy provedl v druhé polovině 16. stol. italský stavitel Oldřich Avostalis de Sala a v 18. stol. byl objekt zbarokizován architektem Františkem Maxmiliánem Kaňkou. Do roku 1560 byl zámek sídlem vrchnosti (Pánů z Pernštejna), po tomto roce pak na dlouhou dobu centrem správy královského komorního panství; dočasně byl na zámku útulek vysloužilých důstojníků. Pernštejnové přestavěli celý areál původního hradu na palác s čtyřkřídlou dispozicí, který již vyhovoval nárokům pronikajícího renesančního stylu života aristokracie.
Kolem paláce a dvora s hospodářskými budovami bylo vybudováno nové mohutné opevněni. Vznikl tak přechodný typ mezi hradem a zámkem. Pozoruhodný fortifikační systém s hliněným valem a hradbou na úpatí se dochoval dodnes. V současné době sídlí v prostorách zámku Východočeské muzeum v Pardubicích.
Z důvodu rekonstrukce 2019 - 2020 byly zrušeny expozice mincí, zbraní, pohlednic i přírody. V současné době jsou přístupné expozice archeologie, historická expozice Pardubice - příběh města a expozice skla. Z důvodu rekonstrukce jsou uzavřeny i rytířské sály a kaple Tří králů.
Protiatomový kryt
Pardubický zámek skrývá jedno velké tajemství -
protiatomový kryt z 50. let o němž koluje mnoho fantastických historek. Kryt je schovaný v
zámeckých valech a zřejmě byl budován jako
přísně tajné velitelské stanoviště civilní ochrany s kapacitou až 120 lidí. Prohlídky jsou
každou sobotu v 10 a v 15 hodin.
Repliky děl na valech
Na valech Zámku Pardubice uvidíte kanony. Repliky varhanových děl z doby, kdy zámek patřil Pernštejnům, míří na tehdy jedinou přístupovou cestu k zámku, která vedla od Příhrádku. Pernštejnové v Pardubicích disponovali výzbrojí pro víc než 1000 mužů. Součástí jejich ohromné zbrojnice bylo také mohutné dělostřelectvo. Na zámku bylo v roce 1560 celkem 83 dělových hlavní, které byly namontovány na 39 lafetách. Rozsáhlá artilerie na valech měla zřejmě především ukázat moc pánů z Pernštejna a jejich připravenost hájit svůj ohromný majetek. Osm varhanových děl stálo trvale přímo na valech směrem k městu, dohromady měla 50 hlavní. Varhanové zbraně zmizely ze scény s nástupem zezadu nabíjených zbraní v 19. století.
Prohlídkové okruhy s průvodci Východočeského muzea
Průvodci Východočeského muzea provází zájemce od května 2018 po
nových prohlídkových okruzích ve městě. Zájemcům představí dobu Pernštejnů a moderní architekturu z první poloviny 20. století.
Prohlídky jsou
na objednávku a konají se v češtině nebo angličtině. První prohlídkový okruh přiblíží návštěvníkům
historické jádro města a především
unikátní ukázku renesančního urbanismu. Součástí prohlídky města budou také dominanty
Pardubic, jako je
Zelená brána nebo kostel svatého Bartoloměje. Prohlídka trvá hodinu a stojí 140 korun.
Druhý nový prohlídkový okruh se věnuje
moderní architektuře z první poloviny 20. století. Pozornost si zaslouží stavby architektů Ladislava Machoně, Josefa Gočára nebo Oldřicha Lisky. Během hodiny a půl lidé navštíví ikonické Winternitzovy mlýny od Josefa Gočára či Machoňovu pasáž. Za prohlídku zaplatí 160 korun.
Zastávka na Svatojakubské cestě
Od roku 2018 je Pardubický zámek
součástí jedné ze svatojakubských poutních cest do Santiaga de Compostela v České republice. Před vstupní Labskou branou naleznou poutníci pískovcovou desku se stylizovanou
svatojakubskou mušlí. Deska před zámkem nese kromě nápisu Santiago de Compostela i vzdálenost, kterou musí lidé z
Pardubic do cíle urazit: 3 224 kilometrů.
Svatojakubská poutní cesta je v Pardubicích vyznačena nálepkami. Po dohodě s Klubem českých turistů jsou umístěny i na křižovatkách turistických tras. Poutníci mohou na pardubickém zámku dostat
razítka do poutnického pasu a občerstvit se.
Východočeské muzeum v Pardubicích 
Instituce byla oceněna v
Národní soutěži muzeí Gloria musaealis:
2004 – Cena Gloria musaealis v kategorii Muzejní výstava roku 2004 – za stálou expozici „Příroda východního Polabí“